Moderný filtračný systém podlahový vysávač zvyčajne používa viacvrstvovú štruktúru. Prvou je primárna filtračná vrstva, ktorá je zodpovedná hlavne za zachytávanie väčších častíc prachu, vlasov a nečistôt. Je to ako pevná obranná línia, ktorá zabraňuje vniknutiu veľkých častíc nečistôt priamo do následného filtračného procesu, zabraňuje poškodeniu jemnejších filtračných komponentov a tiež predbežne filtruje niektoré znečisťujúce látky vo vzduchu, aby sa znížil tlak následnej filtrácie.
Ďalej nasleduje stredne účinná filtračná vrstva, ktorá má vyššiu presnosť filtrácie ako primárna filtračná vrstva. Dokáže zachytiť niektoré menšie prachové častice a niektoré alergény, ako sú peľ, roztoče a iné drobné látky. Stredne účinná filtračná vrstva využíva špeciálne vláknité materiály. Tieto vlákna sú prepletené a vytvárajú jemnú filtračnú štruktúru. Prachové častice budú absorbované alebo zachytené vláknami pri prechode, čím sa vzduch účinne čistí, znižuje sa obsah vdýchnuteľných častíc vo vzduchu a chráni sa dýchacie zdravie používateľa.
Vysokoúčinná filtračná vrstva je jadrom celého filtračného systému. Bežné vysokoúčinné filtre, ako sú HEPA filtre, dokážu odfiltrovať extrémne malé častice vrátane baktérií, vírusov a niektorých škodlivých chemických častíc. HEPA filter má veľmi vysokú účinnosť filtrácie a dokáže odstrániť viac ako 99,97 % drobných častíc vo vzduchu. Princíp spočíva v tom, že zložitou štruktúrou vlákna a elektrostatickou adsorpciou sa drobné čiastočky pri prechode pevne adsorbujú na povrch filtračného vlákna a nemôžu uniknúť do vzduchu. Vzduch vypúšťaný z vysávača tak výrazne znižuje obsah škodlivín a stáva sa sviežim a čistým.
Aby sa zabezpečila trvalá účinnosť filtračného systému, niektoré vysávače sú vybavené aj automatickým čistením alebo pripomienkou výmeny filtra. Počas prevádzky vysávača sa na filtri postupne hromadí prach. Ak sa včas nevyčistí alebo vymení, zníži sa účinnosť filtrácie, nedá sa zaručiť čerstvosť vzduchu a dokonca môže dôjsť k oslabeniu sania vysávača. Funkcia automatického čistenia môže striasť časť prachu adsorbovaného na filtri spätným prúdením vzduchu alebo vibráciami, čím sa predlžuje životnosť filtra; a funkcia pripomenutia výmeny filtra môže okamžite informovať používateľa o stave používania filtra, takže používateľ môže vymeniť nový filter v správnom čase, aby sa zachoval dobrý výkon filtračného systému.
Okrem toho má tesniaci dizajn vysávača veľký význam pre záruku sviežosti vzduchu. Dobrá tesniaca štruktúra môže zabrániť úniku nefiltrovaného vzduchu, čím sa zabezpečí, že všetok vdychovaný vzduch prejde kompletným filtračným procesom, čím sa zabráni neúplnému upratovaniu a problémom so znečistením ovzdušia spôsobeným únikom vzduchu.